- Le système immunitaire est en général capable de faire la distinction entre ce qui appartient à votre corps et ce qui tente d’y pénétrer, comme le virus de la grippe. Pour cela, chaque cellule de votre corps présente à sa surface les mêmes protéines qui vous caractérisent. Le système immunitaire les reconnaît et les laisse en paix.
Ce système de reconnaissance du « soi » est appelé en biologie, complexe majeur d’histocompatibilité. Toute substance capable de déclencher une réponse du système immunitaire est appelée antigène. Le virus de la grippe, mais aussi la salmonelle, une bactérie qui contamine les aliments ou encore certaines protéines ou fractions de protéines qui sont des antigènes. Les caractéristiques propres à l’antigène qui déclenchent la réponse immunitaire sont appelées des épitopes.

- Le Système Immunitaire est formé d’organes individualisés et de tissus entre lesquels circulent des cellules de l’immunité naturelle et de l’immunité adaptative, dites cellules immunocompétentes.  Par le biais de mécanismes de communication perfectionnés (impliquant des molécules solubles et membranaires), le SI est capable de produire et de réguler des réponses effectrices susceptibles de protéger l’organisme hôte.
Le système lymphoïde est composé de deux types d'organes lymphoïdes :
- Les organes lymphoïdes primaires ou centraux (moelle osseuse et thymus) sont le site majeur de la lymphopoïèse où les lymphocytes se différencient, deviennent matures en acquérant leur compétence (notamment l’expression des immunorécepteurs, BCR et TCR).
- Les organes et tissus lymphoïdes secondaires ou périphériques comprennent des organes encapsulés ou organes systémiques (ganglions lymphatiques et rate) et des accumulations de tissu lymphoïde distribuées principalement au niveau des muqueuses (organes muqueux) ; il s’agit de sites de capture et de présentation de l’Ag aux différentes cellules participant à la réaction immunitaire.