Les écosystèmes microbiens sont des communautés de microorganismes, tels que les bactéries et les champignons, interagissant dans divers environnements comme les intestins humaine, les intestins des animaux, les océans et les  sols et . Ils jouent un rôle essentiel dans les cycles biogéochimiques, notamment le cycle du carbone et de l'azote, en participant à des processus comme la décomposition de la matière organique et la fixation de l'azote.